Геномные браузеры
UCSC
Найдем с помощью UCSC браузера исследованный ранее белок человека - "Серин/треонин - протеин киназу Nek2".
- Короткое и полное имя гена: Serine/threonine-protein kinase 2; Nek2
- Закодирован на цепи: обратная цепь
- Находися в хромосоме: хромосома 1
- Участок принадлежит к плечу и полосе: chr1:q32.3
- Координаты гена в последовательности хромосомы: 211,836,114-211,848,972
- Число экзонов и длина аминокислотной последовательности: 8 экзонов, 279 аминокислот
Сохранили картинку окрестности гена из Genome Browser c треками (Рис.1-2):
- Гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes)
- Метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation)
- Консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation)
- Полиморфизмы (Common SNPs)
|
|
Рисунок 1. Визуализация гена NEK2 из Human Genome Browser Gateway с соответствующими треками.
|
|
|
Рисунок 2. Полиморфизмы (Common SNPs).
|
Ensembl
При помощи геномного браузера Ensembl, было получено выравнивание региона гена NEK2_HUMAN человека с гомологичным геном шимпанзе. Выравнивание было сохранено в формате CLUSTAL.
При помощи программы distmat пакета EMBOSS было определено количество различий между человеком и шимпанзе. Данная программа определяет эволюционное расстояние между двумя последовательностями.
Результат: программа построила матрицу различий между двумя последовательностями:
1 2
0.00 1.05 homo_sapiens/1-12872 1
0.00 pan_troglodytes/1-12872 2
Как следует из матрицы: расстояние между последовательностью человека и шимпанзе - 1,05. То есть, примерно каждый сотый нуклеотид этих последовательностей отличается.
Также, для гена NEK2_HUMAN в Ensembl было определено количество разнообразных полиморфизмов: 2300.
© Novikova Maria, 2013
Последнее обновление: 23.12.2013